在成功阻止暗黑大帝複活後，萌學園表麵（miàn）恢複平靜，實則暗流湧動。紅月再次高懸天際，預示著不祥之兆。神秘的白衣男女（nǚ）在學園（yuán）悄然現身又消失，給學園蒙上了一層神秘的麵紗。萌騎士們肩（jiān）頭的使命還未（wèi）完（wán）全結束，他們隱隱（yǐn）感到新（xīn）的危險正在逼近。就在此（cǐ）時，學園裏接（jiē）連發生怪事，先是不少學生莫名陷入昏迷，身體虛弱不堪，仿佛魂（hún）魄被抽取。經長老們仔細探查，發現這是（shì）傳說中“斯坦禁術”——“魂（hún）魄奪取術”所為。奈亞公主、奈（nài）冰公主、聖亞（yà）公（gōng）主、神聖（shèng）公主（zhǔ）以及身份暫時（shí）保密的蜜諾娃使者（zhě）聯合萌騎士們開始調查真相（xiàng）。隨著調查深（shēn）入，萌騎士們發現一個驚人的秘密：暗黑公主出現了，她還攜帶著暗（àn）黑五星。原來，暗黑（hēi）大帝雖（suī）未複活，但他的餘孽勾結暗黑魔帝，企圖借助“魂魄奪取術”收集大量魂魄，為（wéi）暗黑（hēi）大（dà）帝重塑肉身。而且（qiě）暗（àn）黑魔帝還掌握著五顆神秘靈石，據說（shuō）這五顆靈石集齊（qí）能釋放（fàng）出毀（huǐ）天滅（miè）地的力量，若被（bèi）暗黑勢力利用，整個宇宙（zhòu）都將陷入黑暗。同時，萌騎士們還在暗黑檔案室發現了神秘的檔案X，內容涉及暗黑大帝與暗黑魔帝的陰謀，以及（jí）他們妄圖統治宇宙的野（yě）心。左（zuǒ）右（yòu）護法也在暗中協助暗黑勢力，給萌騎士們製造諸多麻煩。每當萌騎（qí）士（shì）們接近真相，就會（huì）遭遇意想不到的陷阱和強大，他們。