在成功阻止暗（àn）黑（hēi）大帝（dì）複活後，萌學園（yuán）表麵（miàn）恢複平靜，實則暗（àn）流湧動。紅月（yuè）再次高懸天際，預示著不祥（xiáng）之兆。神秘的白衣男女在學園悄然（rán）現身又消失，給學園蒙上了一層神秘的（de）麵紗。萌騎（qí）士們（men）肩頭的使命（mìng）還未完全結束，他們隱隱感到新的危（wēi）險正在逼近。就在此時，學園裏接連發生怪事，先是不少學生莫名陷入昏迷，身體虛弱不堪，仿佛魂魄被抽取。經長老們仔細探查，發（fā）現這是傳說中“斯坦禁術”——“魂魄奪取術”所為。奈亞公主、奈冰公主、聖亞公主、神聖公主以及身份暫時保密的蜜（mì）諾娃使者聯合萌（méng）騎（qí）士們開始調查真相。隨著調查深入，萌騎士們發現一個驚人的秘密：暗黑公主出現了，她還攜帶著暗黑五星。原來，暗黑大帝雖未（wèi）複活，但他（tā）的餘孽勾結暗黑魔帝（dì），企圖借助“魂魄奪取術”收集大量魂魄（pò），為暗黑（hēi）大（dà）帝重塑肉身。而且暗黑魔帝還掌握著五顆神秘靈（líng）石，據說這五顆靈石（shí）集齊能釋放出毀天滅地（dì）的力（lì）量，若被暗黑勢力利用，整個宇宙都將陷入黑暗。同時，萌騎士們還在暗黑檔案室發現了神秘的檔案X，內容涉（shè）及暗（àn）黑大帝與暗黑魔帝的陰謀，以（yǐ）及他們妄圖統（tǒng）治宇宙的野心。左右護法（fǎ）也在暗中協（xié）助暗黑勢（shì）力，給萌騎士們製造諸多麻煩。每當萌騎士們接近真相，就（jiù）會遭遇意想不（bú）到的陷阱（jǐng）和強大，他們。