在成功阻止暗黑大帝（dì）複活（huó）後，萌學園表麵恢複平靜，實則暗流湧動。紅月再次高懸天際，預示著不祥之兆（zhào）。神秘的白衣男女在學園悄然（rán）現身又消失，給學園（yuán）蒙上了一（yī）層神秘的麵紗。萌騎士們肩頭的使命還（hái）未完全結束，他們隱隱感到新（xīn）的危險正在逼（bī）近。就在此時，學園裏接連發生（shēng）怪事，先是不少學生莫（mò）名陷入昏迷，身體虛弱不堪，仿佛（fó）魂魄被抽取。經長老們（men）仔細探（tàn）查，發現這是傳說（shuō）中“斯坦禁術（shù）”——“魂魄奪取術”所為。奈亞公主、奈冰公主、聖亞公（gōng）主、神聖公（gōng）主以及身份暫時保密（mì）的（de）蜜諾娃使者聯合萌（méng）騎士們開始調（diào）查真相。隨著調查深入，萌騎士們發現一個驚人的秘密：暗黑（hēi）公主出現（xiàn）了，她還攜帶著暗黑五星。原（yuán）來，暗黑大帝雖未複活，但他的餘（yú）孽勾（gōu）結暗黑魔帝，企圖借助“魂魄奪取術”收集大量（liàng）魂魄（pò），為暗黑大帝重塑肉身。而且暗黑魔帝還掌握著五顆神秘靈石，據說這五顆靈石集齊能釋放出毀天滅地的力量，若被暗黑勢力利用，整個宇宙（zhòu）都將陷入黑暗。同時（shí），萌騎士們還在暗黑檔案室發現（xiàn）了神（shén）秘的檔（dàng）案X，內容涉及暗黑大帝與暗黑魔帝的陰謀，以及他們妄圖統治宇宙的野（yě）心。左右護法也在暗中協助暗黑勢力，給（gěi）萌騎（qí）士們製（zhì）造諸多麻煩。每（měi）當萌騎士們接近真相，就會遭遇意想不到（dào）的陷阱和強大，他們。