在成功阻止暗黑大帝複活後，萌學園表麵恢複平靜，實則暗流湧動。紅月再次高懸天際，預示著不祥之兆（zhào）。神秘的白（bái）衣男女在學園悄然現身又消失，給學園蒙上了一層神秘的麵紗。萌騎（qí）士們肩頭的使命還未完全結（jié）束，他們隱（yǐn）隱感到新的（de）危險正在逼近。就在此時，學園裏接連發生怪事，先是不少學生莫名（míng）陷入昏迷，身體虛弱不堪，仿佛魂魄被抽取。經長（zhǎng）老們（men）仔細探查，發現這是傳說中（zhōng）“斯坦禁術”——“魂魄奪取術”所為。奈亞公主、奈冰公主、聖亞公主、神（shén）聖公主（zhǔ）以及身份暫時保密的蜜諾娃使者聯合萌騎士們開始調查真相。隨著調查深入，萌騎士們發現一個驚（jīng）人的秘密：暗黑公主出現了，她還攜帶著（zhe）暗黑五（wǔ）星。原來，暗黑大帝雖未複活，但他（tā）的餘孽勾結暗黑魔帝，企（qǐ）圖（tú）借助“魂魄奪取術”收集大量魂魄，為暗黑大帝重塑肉身。而且暗黑魔帝還掌握著五（wǔ）顆神秘靈石，據（jù）說這五顆靈石集齊能釋放出毀天滅地的力量，若被暗黑（hēi）勢力利用，整個宇宙都將陷入黑暗。同時（shí），萌騎士們還（hái）在暗黑檔案室發現（xiàn）了神秘的檔案X，內（nèi）容（róng）涉及暗黑大帝與暗黑魔帝的陰謀，以及他們妄圖統治宇宙的野心。左右護法也（yě）在暗（àn）中協助暗黑勢（shì）力，給萌騎士們製造諸（zhū）多麻煩。每當萌騎士們接近真相，就（jiù）會遭遇意想不到的陷阱和強大，他們。