在成功阻止暗黑大帝複活後，萌學園表麵恢複平靜，實則暗流湧動。紅月再次高懸天際，預示著不（bú）祥（xiáng）之兆。神秘的白衣男女在學園悄然現身又消失，給學園蒙上了一層神秘的麵紗。萌騎士（shì）們（men）肩頭的使命還（hái）未完全結束，他們隱隱感到新的危險正在（zài）逼近（jìn）。就在（zài）此時，學園裏（lǐ）接連發生怪事，先是不（bú）少學生莫名陷入昏迷，身（shēn）體虛弱不堪，仿佛魂魄被抽取。經長老們仔細探查，發現這是傳說中“斯坦禁術”——“魂（hún）魄（pò）奪取術”所為。奈亞公主、奈冰公主、聖亞公主、神聖公主以及身份暫時保密的蜜諾娃使者聯合萌騎士們開始調查真相。隨著調查深入，萌（méng）騎士們發現一個（gè）驚人的秘密：暗黑公（gōng）主出現了（le），她（tā）還攜帶著暗黑五星。原來，暗黑大（dà）帝雖未（wèi）複活（huó），但他的（de）餘孽勾（gōu）結暗黑（hēi）魔帝，企圖借助“魂魄奪取術”收（shōu）集大量魂魄，為暗黑（hēi）大帝重塑肉身。而且暗黑（hēi）魔帝還掌握著五顆神秘靈石，據說這五顆靈石集齊能釋放出毀天滅地的力量，若被暗黑勢力利用，整個宇宙都將陷入黑暗。同時，萌騎士們還在暗（àn）黑檔案室發現了神秘的檔案X，內容涉及暗黑大帝與暗黑魔帝的陰謀，以及他們妄圖（tú）統治宇宙的野心。左右護法也在暗中協助暗黑勢（shì）力（lì），給（gěi）萌騎士們製造（zào）諸多（duō）麻煩。每當萌騎士們接近真相，就會遭遇意（yì）想不到的陷阱和強大（dà），他們。